在日本战国时期，分属不同名称的忍者团体也暗中进行过角力。月夜星光下，伊贺忍者山手（三原政运饰）、阵内（柏原翔史饰）、老鼠等人在探查过程中不慎与对手相撞。一个巨大的火球让所有人都惊呆了。回到村子后，野马提在首领的指示下前往森林调查火球的真相。途中，他们遇到了同派的琳琳（肘威尔米卡饰）和他的同伴，他们一起走来。结果，在密林之中，伊贺忍者们遭到了不明生物的袭击。对方身手敏捷，速度快，杀伤力巨大，忍者接连被杀。野马提、金内、琳琳等人虽然侥幸逃脱，却不知道外星人正在肆意繁殖。一时间，伊贺村毒害惨重，亚马蒂等人也面临着前所未有的挑战……
