平安夜，在卡森共和国自来水公司与哈里曼达拉公司签署协议的大楼外，无数人谴责抗议活动。就在这时，控制警卫的机动警察分队突然拔枪，对示威者进行了滥杀滥伤和血腥恐吓。事件的背后，神秘病毒“Tinder”若隐若现。在与未知敌人的决斗中，独立机动部队的草薙素子和她的同伴们救出了全身假肢少女津田爱玛，她似乎在利用虚拟记忆隐藏恐怖活动。事实。公安九课课长荒卷大辅拒绝将其交给陆军情报部保住上校，而是命令草薙护送爱玛前往501机关调查。草薙不仅在少女身上发现了两个灵魂的存在，更触及了被政府和军方隐藏的悲惨真相……
