延续前作《哥斯拉-绝对零炮》的故事。维修组成员中条义人在八王子基地负责修理机龙。某天，中条义人在叔叔新一的别墅度假，来自Baby的小美精灵 岛屿出现在他们面前，肖佳人给了他们一个忠告：人类用哥斯拉的骨头制造机龙是一个严重的错误，即使部署了机龙，摩斯拉也会成为敌人 于是新一试图说服身为首相的老朋友五十岚，希望阻止机器龙的计划，但就在此时，哥斯拉再次出现在平静的海洋中……2004年是50周年。 哥斯拉在大银幕上的亮相，在前作《哥斯拉×机械哥斯拉》中，1954年由哥斯拉的骨头制成的机械龙首次亮相，并与哥斯拉展开了激烈的战斗。 善良终于要结束了。 关键在于曾经袭击东京的魔斯拉和婴孩岛的小美女。 一直守护魔斯拉和小美女的语言学家中条真一，将这个任务交给了在机龙维修队工作的侄子义人。 或许他能感受到哥斯拉系列电影的历史传承！ 至于出色的战斗场面，国会大厦、东京铁塔等众多象征东京的地标建筑被毁。 与之前的作品相比，它们更加引人注目。 且不说特效，电影中人与人之间的情感关系也值得一看。 对义人的内心纠葛、他与操作员的对立等复杂情感也有很多深刻的描述。
