这个1989版是1986版的续集。这部电影遵循第一集的铺垫，当时母亲维妮卡怀上了赛斯的孩子。当她生下一只蝇蛹时，她被吓死了当场。政府的科研机构巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（埃里克·斯托尔茨EricStoltz饰），由巴托工业公司的老板巴托先生（约翰·盖兹JohnGetz饰）抚养长大。巴托先生密切关注着马丁的一举一动。表面上，他将马丁视为自己人，实际上却将其视为研究对象。他偷偷用相机记录下自己的全部生命过程，并让马丁在父亲死前研究他的时空传送装置。.马丁长得英俊帅气，与常人无异，除了惊人的成长速度和超人的天赋。不久，马丁爱上了时髦的贝丝洛根（达芙妮祖尼加）。但隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是成为下一个“飞人”的噩耗。
