公元2035年，人类被12猴大军开发的病毒入侵。大多数人在这场病毒灾难中丧生。只有少数人幸存下来，但他们只能在黑暗的地下生存。科学家们肯定会派人穿越到1996年，追查12只猴子军队的起源。囚犯詹姆斯科尔（布鲁斯威利斯）被选为志愿者。一次偶然的机会，科尔回到了1990年，当时他正在向当时的人们描绘未来的灾难，作为精神病患者被医生凯瑟琳·雪莉（玛德琳·斯通，玛德琳）抓获。斯托）被诊断出患有精神分裂症。科尔在患者同伴杰弗里·戈因斯的帮助下逃脱并回到了未来。科尔再次被送回了1996年，因为12猴大军的来历不明。科尔这次在费城创建了12猴大军，他找到了医生凯瑟琳，两人开始了追查12猴大军的冒险！
