卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德饰）在死刑即将执行前醒来，他被索菲亚（玛丽昂·歌迪亚饰）选中参与一个将人类从暴力冲动中解放出来的项目。虚拟现实机器Animus让用户体验前人的记忆。在被绑在机器上后，卡勒姆·林奇意识到自己是阿吉拉尔的后裔，阿吉拉尔是一名生活在西班牙宗教裁判所期间的刺客。他们正在寻找他们可以控制的东西。自由意志的伊甸苹果。在父亲艾伦（杰里米·艾恩斯饰）的压力下，索菲亚不情愿地操纵卡勒姆·林奇回到过去，寻找伊甸苹果在现代世界的下落，威胁到他的身心健康。.但在同为杀手的穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰）暗示卡勒姆·林奇，提醒他艾伦可能有不纯的动机后，卡勒姆·林奇开始重新考虑自己的行为和动机，而人类自由意志的命运也悬而未决……
