与十一（神木龙之介饰）激战后，塞顿芬流（加濑凉饰）身受重伤，生命垂危。期间，青池理子（栗山千秋饰）带着女儿小君（森山树饰）默默离开了医院；而在各国政要关于大体计划的秘密会议上，这位自称是姬美穗的日本代表抹杀了所有人，他代表SPEC召开了一些对普通人类正式宣战的活动。在世界危急关头，塞顿仓促出院，与当真纱夜（户田绘里香饰）一起调查青知母女的下落。野村组长（龙雷塔饰）独自行动，寻找简易计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替出现，但残酷的杀戮从未停止。前人类的秘密被揭开，惨烈而巨大的跨种族斗争即将拉开帷幕……这部电影是SPEC系列最终章的第一部分。
