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第二集中,尼奥(基奥·里夫饰)未能从内部摧毁“母体”,他的身体在现实世界的飞船上陷入昏迷,精神被困在“母体”和真实世界之间世界的中央,这个地方被“火车人”控制着。Morpheus(LaueceFihbue)和Trinity(Caie-AeMo)等人知道Neo的情况。在守护天使的带领下,他们找到了“火车人”的操控者梅罗文奇,经过一番激战,将尼奥救了出来。就在这个时候,电子乌贼部队向锡安发起了猛烈的进攻,人类组织的所有机甲战士都进行了顽强的阻拦,局势岌岌可危;Neo和Trinity驾驶一艘宇宙飞船克服重重困难,到达了机械城。终于遇到了机器世界的统治者“大机器”,双方协商达成一致:尼奥将除掉不受“矩阵”控制的史密斯,以换取锡安的和平。在“黑客帝国”中,尼奥和史密斯为了人类的生存而进行了最后的决斗。