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继续上一集的故事,狮子亚历克斯(BenStiller配音)、斑马马蒂(ChrisRock配音)、长颈鹿米勒曼(DavidSchwimmer配音)、河马格洛丽亚(JadaPinkettSmith配音)、而企鹅们,为了离开马达加斯加,回到色彩斑斓的纽约,一架破旧的失事飞机经过训练改装成功升空当大家开始祝贺终于可以返回纽约时,飞机意外降落,紧急降落在非洲大草原上。在这里,狮子亚历克斯终于见到了它的父母。然而,由于太多不同的生活习性和不同的行为方式,这群来自纽约的动物显得格格不入。纽约中央公园的昔日动物之星,在这狂野艰难的环境中应该怎么办?虽然在这里遇到了自己的同类,但因为他们的习惯不同,我无法完全融入他们的群体。为了融入环境,和同龄人建立良好的关系,大家用了各种花样,闹了很多笑话。