在所有未知的生命形式被消灭两年后，人类迎来了短暂的和平，但神秘的欧帕兹突然出现在海滩上，打破了这种和平。人类的诡异死亡在城市中重现，这次的杀人凶手是一个新的敌人身份不明的物体。他们拥有人类无法比拟的神秘力量，就连专门为他们组建的G3小队也与他们无关。\r失去记忆的开朗青年津上正一暂时住在美杉教授的家中，与美杉教授的侄女真奥和也和儿子美杉太一住在一起。但在正一真诚笑容的背后，却是神秘的英雄假面骑士阿基托。每当未知物体出现要杀死人类时，他就会被诱导摧毁它们。\r日益强大的未知物体，津上章一的过去记忆，与奥帕兹诞生的神秘黑衣少年之间有什么联系？这是什么一回事呢？
