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14年前，被怀疑是神化第一形态的一号机的启蒙，带来了近三重的震撼，让世界发生了前所未有的巨变。之后，葛城美里（河野美史配音）等NERV老部离开，组建Wille，对抗Seele和NERV。威勒命令明日香（宫村由子配音）和真莉（坂本真绫配音）收回被封印在卫星轨道上的初机和碇真嗣（绪方惠美配音），但严禁真嗣登上初机。感受到周围的敌意，懵懂的真嗣陪着绫波丽（林元惠美配音）登上了突然入侵的9号机，回到了陷入困境的NERV总部。在这里，他意外地与日思夜想的绫波重逢，也从父亲口中得知自己将与美少年朱迅（石田彰配音）一起驾驶13号机。14年的空隙中，期间的沧桑和感情纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰却为他揭露了种种匪夷所思的真相……本片是EVA新剧场版四部曲的第三部。
