太极一行人告别数码世界后，数码世界并没有对人类关闭大门，但数码世界内部却久久没有安宁，纷争再次爆发。数字世界迫切需要一群被选中的孩子来维护数字世界与人类世界的和平。太一、阿禾、苏娜等人都陆续成为了初中生。他们没有太多的精力和精力与数码兽并肩作战。只有阿武和晓光成为了新一代的领袖人物。被选中的孩子有元宫大辅（武内玲子配音）、井上京（夏树莉绪配音）、火天八井（夏树惠配音）等人。除了八古兽和加布兽之外，还有其他的孩子在和他们战斗。有新的数码宝贝参与其中。于是，在初代数码兽的带领下，新的数码兽和守护者开始了与邪恶势力的战斗……
