故事发生在不远的未来。我们人类所知道的世界并没有太大的变化，但最近却不断有“外星野兽”遍布全球的报道。为了秘密解决这个问题，成立了一个世界性组织。他在日本的防卫组织TLT的分支机构被称为TLT-J。TLT-J的下属组织是夜袭小队NR（NightRaider）。他们的任务是暗中消灭异兽。战绩骄人的夜袭小队突然出现了新的敌人异兽，他们陷入了苦战。这时，光之巨人奥特曼耐克萨斯出现了。奥特曼枢纽的能人——姬谷君也出现了。Nexus使用阶段的折叠来创建他自己的战斗空间“MetaDomain”。巨化之后，他便将异兽拉入了这个空间之中进行战斗。而且，TLT的特种飞行器在与Nexus联合作战后，也可以进入这个空间。TLT的新成员琴藤和树正在与和仓队长等队员一起处理繁忙的任务。但自从遇到纪亚准之后，他就对自己的使命和周围的环境产生了怀疑。组织隐藏着怎样的秘密，队员们的过去又是怎样，Nexus和异兽的真相又是怎样？・・・古门和姬亚俊建立了深厚的友谊，并开始一步步揭开谜团。
