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一颗流星划过东京的夜空，伴随着希腊神话中的金苹果。善良的孤儿院老师艾莉伊和孩子们过着平静的生活，却被金苹果召唤，变成了争执女神爱丽丝。为了达到毁灭世界的目的，她绑架了雅典娜女神，并用金苹果将她捆绑。除了争议女神之外，还有五位不死圣人，包括亚萨莫亚、竖琴俄耳甫斯、南十字古拉特、神盾之盾、猎户座扎卡。过着平静生活的星矢、紫龙、舜、冰河，收到了爱丽丝寄来的挑战信，换上了新的圣衣，前往女神被困的地方。抵达圣域的圣哉众人，遇到了不死族五人，顿时陷入了一场恶战。女神危在旦夕……这部电影是这部动画片的第一部剧场版。
