盖亚奥特曼的故事发生在另一个时空，不同于昭和时代奥特曼的时空，也不同于迪迦奥特曼和戴拿奥特曼的时空。奥特曼故事的前半部分，没有遭受破坏，招来肉体破坏和争论想法，显示了他们之间日益紧张的关系以及两人的最终摊牌。共同的敌人。剧中的队伍也和之前的不同，出场次数也比之前多了很多，而且两人在故事开始的时候经常吵架。他们的思想就像他们的皮肤一样不同。与盖亚（或之前的所有奥特曼）不同，阿古鲁完全是蓝色的。盖亚下定决心要拯救地球和人类，而同样出生在地球上的阿古鲁一开始只对保护地球感兴趣，甚至不惜牺牲人类（这就是他和地球的不同之处）盖亚开始）。故事的时间设定在2000年。而且一切都是巨大的。故事中有许多类型的怪物。除了来自宇宙的入侵者，还有许多来自地球的怪物和一些受天气控制的不知名机器人。
