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少年侦探团成员柯南、灰原和步美博士、光彦、元太水这天结束了露营，绕道参观了日本第一座在富士山前新建的双塔摩天大楼。西多摩市。，他的学妹常盘澪受邀与小兰、圆子一起出席开幕式。在澪的介绍下，他们认识了以画天才程序员山而闻名的画师如月风水。在此期间，汇源表现异常。Oki早早进入了B塔，被杀了。警官目雨开始调查，发现他和澪似乎关系不一般。不久，原也在家中遇害。由于现场遗留了类似日本画家使用的研钵的小酒杯碎片，两起案件疑似为同一人所为。柯南将小酒杯与灰原曾供职的黑暗组织联系起来，并以酒命名，并注意到第二个箱子里的碎片没有沾染血迹。与此同时，他查明慧媛异常行为的原因，却发现她被人跟踪。园子的发型让她看起来很像雪莉（灰原）。开幕酒会上，澪在向来宾展示如月最珍贵的富士山画作时被杀。她的死就像是横亘在富士山中的双子塔的缩影。她的身下还有一个小酒杯，不过完好无损。一颗原本应该留在澪脖子上的地上珍珠让柯南将目光转向如月。紧接着，A栋美旭公司电脑档案室和地下配电室所在楼层发生爆炸。逃亡中，柯南发现了一支枪口对准了园子，心中的疑问一一给出了答案，但他和小蓝等人最急需的却是如何从火海中逃生
