在第二部中，包拯（陆毅饰）摆脱了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，成为了一个稳重有责任感的县父级官员，为角落里的百姓求情。这一天，皇帝赶回北京，调查受贿和贪污官员连续死亡的案件。少年包擎天再次出动，一路上各种案件相遇的皇朝马汉、张龙、赵虎，将是未来著名的科学名将包公身边的护卫。公孙策（任泉饰）已经很佩服包拯的聪明才智，答应协助他办案。这次遇到的女孩是小蜻蜓（范冰冰饰）。她是一个活泼调皮的女孩，身份总是神秘莫测。直到案子走到大画家风知水案，大家才明白小蜻蜓身世的灾难：收养她的养父视她为小孩子。仿佛出来了，他亲笔为她作画，隐藏着一个秘密。后来，他消失在江湖，也没有任何消息。多年来，小蜻蜓一直在努力寻找养父的下落。这一次，只希望包拯能够查明事情的真相。
