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故事发生在东京八丈岛的海岸外，那里建造了一个与来自世界各地的警察监控摄像头相连的海洋设施。在该设施正式启动之前，来自世界各地的IT工程师来到现场，以便连接到欧洲刑警组织管辖的区域。与此同时，一项使用面部识别系统的测试也在进行中……另一方面，柯南和少年侦探队在园子的邀请下来到八丈岛看鲸鱼。这时，柯南接到冲谷青（赤井秀一饰）的电话，得知欧洲刑警组织的成员在德国被杜松子酒杀害。为了观察真相，柯南潜入了黑田平等警视厅人员准备进行警戒工作的警戒艇，进入了设施。随后，在系统启动准备工作稳步进行的设施中，发生了一起案件——化名女项目被黑衣组织绑架，她手中装有一些资料的U盘也落入了黑衣组织的手中。黑组织。里面。海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时，在八丈岛上的灰原爱身边，也有一道黑影悄然逼近……
