全球怪物灾难爆发后，世界各国于1966年成立了地球防卫军（GGF），以应对来自地球内外的怪物和外星生命的攻击。如今，人类正在破坏自然世界，全球变暖日益严重。一天晚上，宇宙甲壳类怪物巴赞贾出现了。地球防卫军的清理行动遇到困难，昼间鹤人率领的特种部队陷入绝境。这时，一个神秘的巨人带着耀眼的光芒降临。这是一个身份不明的大型外星人，代号为，数十年来一直在宇航员中传闻。随后，仙人被召唤到指挥中心，突然接到了成为特殊怪物应对支队（SKaRD）指挥官的任务。SKaRD是一个秘密组织的特殊怪物反应部队。他指挥的特种部队主要驾驶巨型怪物型机器人阿斯加隆对抗怪物灾难。同时，他还奉命调查巴赞加之战中出现的奥特曼是否是必须消灭的敌人。“我会解决的。”如今，在开拓者奥特曼的带领下，仙人队长将与新组建的SKaR联手……
