受古代文明留下的信息的启发，成立了一个名为“Arkham”的民间组织。旨在保护和密封超古代文明的危险遗迹。《阿卡姆》中涉及的特殊人员被称为SPRIGGAN。其中，实力排名第一的特工是一名十七岁的少年，名叫夕神妙语（森久保正太郎配音）。在土耳其的一次调查中，“阿卡姆”意外制造了诺亚方舟，方舟中隐藏着毁灭世界的神秘力量，于是众多组织开始窥探这个传说中的远古遗迹。美国派出一队生化人，与“阿卡姆”展开了一场废墟的激战。而其中一个自称神的革命少年，想要利用诺亚方舟引发第二次洪水毁灭世界……雨神妙游能否阻止这个疯狂的计划？世界会灭亡吗？
