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宇宙翼骨兽格兰达出现在宇宙空间中。SuperGUTS和戴拿奥特曼双双败北。危急时刻，TPC以极高密度制造的普罗米修斯战舰现身，救下戴拿。几天后，普罗米修斯说明会在克利奥莫斯岛举行。SuperGUTS前去参加，认识了开发负责人如月雷博士（杉本彩饰）。普罗米修斯依靠人类计算数据来模拟人类在战斗中的行为。为了获取数据，她希望将SuperGUTS玩家的战斗经验移植到普罗米修斯上。作为第一个数据移植接受者的明日香新（鹤野津饰）在移植过程中失去了知觉。这时，神秘的不明飞行物入侵了克利奥莫斯岛。敌人击退了SuperGUTS的攻击，将普罗米修斯改造成了电脑恶魔德菲萨……
