2009年，也就是当真绫（户田绘里香饰）与濑户焚龙（加濑凉饰）相遇的前一年。从美国FBI学习归来的当麻被分配到警视厅公安部5课未知事件特别对策部，由组长野村幸太郎直接领导.前不久，一家大型石油公司的高管相继遇害，死者的心中都留下了被人掐过的痕迹。显然，这一系列事件与所谓的SPEC持有者有着非常密切的联系。与此同时，石油公司的高管暗黑破坏神（大杉莲饰）高薪聘请了神奇的SPEC持有人十一（神木龙之介饰），打算阻止神奇的SPEC杀手。十一、这个未来与当麻和塞顿有着千丝万缕关系的顽固对手，将当麻视为杀死父母的炸弹女孩，后来杀死了当麻在美国认识的朋友南希。SPEC的盛大篇章从此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入倒计时……
