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故事发生在2029年,那时X战警已经解散。作为仅存的少数变种人,金刚狼洛根(休·杰克曼饰)和卡利班(史蒂夫·摩尔饰)是仅存的变种人。ChantStephenMerchant)照顾年迈的X教授(帕特里克·斯图尔特)。由于衰老,X教授失去了对超能力的控制。如果他不依赖毒品,他的超能力就会失控。在全球范围内制造无法挽回的灾难。不仅如此,随着时间的流逝,金刚狼的自愈能力也逐渐减弱,身体素质和力量早已大不如前。一天,一个陌生女人找到了金刚狼,将一个名叫劳拉(达芙妮·基恩DafneKeen饰)的女孩托付给他,并请他把劳拉送到加拿大边境的“伊甸园”。让罗根没想到的是,劳拉竟然是通过植入自己的基因培育出来的人造变种人,而在传说中的伊甸园中,还有一群和劳拉情况相似的孩子。邪恶的唐纳德(波伊德霍尔布鲁克饰)紧追罗根一行人的踪迹。他唯一的目标,就是彻底摧毁那些人工变异体。