第三季在第二独立团抵达查尔斯顿七个月后开始。在此期间，查尔斯顿被指定为“新美利坚合众国”的首都，汤姆·梅森当选为政治领袖（相当总统）。但大部分时间他并没有呆在办公室处理政务，而是带领军队顽强抵抗外星入侵者的进攻。与他的前任曼彻斯特博士相比，汤姆对待外星人的态度更加积极主动。查尔斯顿政府与叛乱的“突袭者”结成了弱小的联盟。汤姆让“突袭者”叛军留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这引起了一些人类的愤怒。两个种族之间的关系持续紧张。《突袭者》叛军在战斗前总是在脸上画上红黄条纹，以纪念第二季结尾英勇牺牲的首领“红眼”。汤姆的儿子本现在是查尔斯顿政府和突袭者队之间的联络人。人类和“突击者”都明白，即使联手，也很难战胜强大的敌人——外星种族埃斯菲尼，此前被第二独立团戏称为“鱼头”。虽然他们的国王死了，但另一个更强大、更邪恶的国王刚刚继位。更糟糕的是，正当双方交战之际，一个全新的外星种族抵达地球，并迅速加入战局。
