继续上一季的剧情，原来Mulder被骗了。按时发现缺点后，他勾结Scully欺骗政府高层，目的是潜入一个“普通FBI特工不该进入的地方”，收集所需的信息。这个季节越来越好，一些混血的外星人，没有完全改造，联手抵制殖民阴谋。Scully的子宫在她被绑架时被切除，但今年她的孩子Emily出现了。今年，制作组还聘请了两位著名科幻作家写了两集剧本。今年还有一集喜剧。为了配合电影的上映，整个X档案都加入了一些角色和内容。“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，Mulder再次接近真相。Mulder前女友的出现也是对Mulder与Scully关系的重大考验。本季以TheSmoker烧掉所有X档案档案而告终。
