没有人会想到,70年前的神秘罗斯威尔事件,至今仍对全人类产生如此巨大的影响。很少有人能看到完整的真相,即使它就在那里。有一天,过着令人失望的生活的前联邦特工福克斯穆德(大卫杜楚尼饰)和他最信任的搭档达娜斯凯利(某教会医院的医生)吉莉安安德森(吉莉安安德森饰)重归于好。原来,一个旨在揭露政治黑幕的节目的主持人找到了他们,希望两人能够揭露政客利用外星人控制人类的真相。以此为契机,关闭已久的X档案重新打开。曾经对各种离奇事件失去信心的Mulder,在Skelly的陪伴下踏上了新的征程。而一路走来,隐藏的真相和人类可怕的未来,将一一呈现在他们的眼前……