军方与汽车人的秘密合作计划有被取消的危险，复活的威震天和红蜘蛛率领霸天虎大军，密谋夺取动力源，企图在地球上掀起另一场血腥屠杀。此时，主角山姆（希亚·拉博夫饰）告别女友米凯拉（梅加·福克斯饰），即将开始他梦想中的大学生活，但一切似乎并不那么顺利。一小块魔方似乎给了山姆某种启示。为了获得魔方中的信息，霸天虎开始追捕山姆。擎天柱为了保护山姆牺牲了，山姆受到鼓舞，决定再次承担起他的使命。在他的室友里奥（拉莫罗迪格斯饰）和西蒙斯（约翰图托饰）的帮助下，山姆和他的女朋友米凯拉给了他一块魔方。山姆的小费来到了埃及，在那里他们在金字塔中找到了能源。这时，霸天虎大军也赶往埃及。这时，军方的一小队人马也应司浑司的请求，将擎天柱的遗体带到了埃及，正邪势力在那片金色的沙漠中决一死战。
