故事发生在1926年的纽约，当时麻鸡人民对魔法师的反抗达到了顶峰，以玛丽露（萨曼莎·莫顿饰）为首的反魔法组织继续开展活动。与此同时，大街小巷发生的各种灾难，不经意间让魔法世界的存在距离被揭穿只有一线之隔，整个魔法部陷入了前所未有的紧张气氛。就在此时，周游世界接触神秘神奇动物的神奇动物学家纽特（埃迪·雷德梅恩饰）抵达纽约。一路上他救出了数十只魔法动物，他的一举一动都在魔法部的前傲罗蒂娜（凯瑟琳·沃特斯顿饰）的监督之下。在一次意外中，麻鸡雅各布（丹福格勒饰）误拿了纽特的手提箱，并放出了藏在箱子里的神奇动物。科布和蒂娜的妹妹奎妮（艾莉森·苏多尔饰）必须踏上寻找神奇动物的旅程。
