二十世纪的最后一个夏天。那一天,人类终于知道自己并不是地球唯一的统治者。巨大的生物“怪兽”和破坏怪物的终极存在“哥斯拉”出现了。经过半个世纪的与怪物的战争,人类屡战屡败,终于打算逃离地球。而在2048年,只有被中央政府管理的人工智能选中的人,才能登上星际移民飞船“Aratrum”,前往11.9光年之外的“鲸鱼座头e”。然而,人类20年来抵达的星球与地球的环境差距远超预期,不适合人类生存。移民飞船上有一个年轻人——晴夫。4岁时,他亲眼目睹了自己的父母被哥斯拉杀死。20年来,他一直想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性消失了,飞船里的生活环境变得更差了。以晴夫为首的“地球回归派”成为主流,他们决定通过危险的长距离超空间航行返回地球。然而,经过两万年的进化,地球已经形成了以哥斯拉为首的生态系统,彻底变成了一个未知的世界。人类最终能否夺回地球?晴夫的命运会怎样?