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故事发生在日本江户时代。一名神秘男子出现在武士桂小太郎（石田明配音）的面前。他手持魔剑“红樱”，要求试一试。这一夜之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸司配音）找到了主人家的神乐（宁宫理惠）和新八（坂口大辅配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银时（杉田智和饰）也受托寻找处处作恶的小樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上。因为远离警察的管辖，飞空艇中的邪恶力量遮天蔽日。在那里，银时遇到了他以前的战友，现在是他的对手，正在带领他的幽灵士兵计划毁灭江户的高杉真介（由子安武进配音）。一部分是凶恶的恐怖分子，另一边则是残暴嗜血的魔剑樱。受重伤的金斗能否安全逃脱并救出江户？本次剧场版重制动画，其中原作中未登场的新选组也将在剧情中大显身手。
