故事讲述了在这个与东京西部隔绝的城市里,“超能力培养”被列为学校课程的一部分。230万人口中,80%是学生,故称“学堂”。在元城,他们每天都在争夺超能力的发展。根据能力的不同,分为无能力(Lv0)到超能力(Lv5)6个等级。故事的主人公上条当麻是学园里的无能者,但也不是完全无能,只是他的能力是让所有超自然的效果无效化。只有他的右手可以使用这种能力,他将自己的能力命名为“梦想杀手”,甚至可以抹杀上帝的奇迹。又因为他的右手仿佛抹去了神所有的祝福,我一直过着悲惨的生活。某个夏日,在他家的阳台上,他遇到了一个修女。少女自称名叫茵蒂克丝,从魔法世界逃了出来,现在被魔法师追杀。.就这样,上条当麻踏入了诡异而美丽的世界,开始了战斗……掌握了十万三千本究极魔法书(魔法书)的少女与拥有抹去一切的神之手的少女奇迹少年,将面临一系列的故事……