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在席卷世界的大灾变“第二次冲击”之后，世界从废墟中重建。14岁的男孩碇真司被他的父亲碇元本召唤到第三届新东京市。他以为自己会受到父亲的欢迎，但他看到了一个名为“使徒”的巨大生物，军队交火了。危急情况下，间谍机构NERV的MiriGe救出了Shinji，并在IkariMototo的指挥下将他带到了NERV总部。但迎接真嗣的是他父亲的严酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨型人形机器人与使徒作战。已经表示拒绝的真嗣在看到重伤的替补司机绫波玲后，决定听从父亲的命令。就这样，从未接受过战斗训练的真嗣准备驾驶第一个EVA面对使徒。世界的命运托付给一个14岁的少年，被“第二次冲击”歼灭的“人类完成计划”似乎开始行动了。有所有答案的碇元都，只是用力地观察着，仿佛一切都已经写进了剧本。
