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在一个阳光明媚的日子里，江户川柯南（高山南配音）、毛利小五郎（小山力木配音）、小蓝（山崎加奈配音）和少年侦探团的小伙伴们一起来到了京都，他们正要登上自卫队的神盾。战舰，我懂出海的感觉，期间还遇到了时尚又有点神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲配音）。没想到，欢乐的气氛很快就被恐慌所取代。战舰上突然制造出一条断臂，消失的自卫队引起了军方的恐慌和猜测。原来，某个国家的神秘间谍X已经悄悄登上了宙斯盾，伺机窃取军舰的绝密信息。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原爱（林原惠美配音）、阿笠博士（绪方贤一配音）、服部平次（堀川凉配音）和富山和叶（宫村优子配音）联手，间谍开始了一系列的斗智斗勇……
