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紧接着上一场，传奇剑客日村谦信（佐藤健饰）终于与继承刽子手悲惨命运的石之雄（藤原龙也饰）展开了一场宿命的对决。追随剑心脚步的神谷薰（武井咲饰）在暴雨中被推入西洋舰炼狱的昏暗海中。为了救出心爱的人，剑心不顾一切地跳入海中。恍惚间，剑心看到了自己悲惨的童年，以及与师父樋谷清十郎（福山真治饰）的初遇。当他从昏迷中醒来时，得知自己顺着海浪漂流到了一座孤岛，正巧被师父救了出来。亲身体验了智之雄强大恐怖的实力，剑心悲痛欲绝，让师父传授飞天御剑流的最高秘剑术。在经历了身心的巨大考验和洗礼后，谦信踏上了前往东京的旅程，在此期间，他第一个遭到在江户无血开城事件中发挥重要作用的间谍头目森信乃的袭击。紫罗兰(伊势谷佑介)被挡出。另一边，智志雄的爪子终于到达了东京。当他得知谦信可能还活着时，他强迫伊藤博文（小泽征月饰）对这个顽固的对手发出通缉令。此刻，为明治维新的胜利立下汗马功劳的刽子手玉道斋，现在正面临暗杀罪名。剑心千辛万苦回到东京后，等待他的是被捕甚至斩首的命运。炼狱之上的决战即将来临，剑心、佐良佐之助（青木诺布尔饰）、齐藤一（江口洋介饰）、京都护廷班卓和濑田宗次郎（神木高之介饰）率领的十位首领。剑灵展开了一系列激烈刺激的对决。这群从旧时代走向新时代的人，在他们心中留下了不可磨灭的印记。如今，他们以不同的信仰，押注着整个日本的命运，阿修罗领域的正邪较量，终于被推向了高潮！
