江户时代的日本，流行一种叫做“百物语”的游戏：一群人点燃一百盏油灯，然后大家轮流讲鬼故事。每个故事讲完后，他们就吹灭一盏灯。传闻，当最后一盏灯熄灭时，真正的鬼魂将会被召唤出来。《鬼故事百篇》每集以一个鬼故事的形式讲述十一个家喻户晓的神秘灵异故事。能够亲眼目睹妖怪恶灵的阴阳师（竹中直人饰）是每集故事的连接器。他是伟大阴阳师的后裔，却生活贫困。他行踪飘忽，所到之处，总会发生各种灵异事件。他总是竭尽全力解开谜团，消灭邪灵。一天晚上，他做了一场可怕的噩梦，第二天他发现噩梦成真了。随着事态的发展，阴谋逐渐浮出水面。他渐渐发现，所谓的灵异现象，其实都是人自己造成的……
