水族馆里诞生了四条小鱼，其中包括哈罗德的女儿伊莎贝尔。伊莎贝尔的外表因为斑点不好看、鳞片缺失而受到学校其他成员的嘲笑。鱼群的领袖瑟斯顿要求哈罗德把伊莎贝尔藏起来，否则如果有人发现她，他们就会被扔进海里。贪玩的伊莎贝尔被人类发现，她和哈罗德被扔进了茫茫大海。海上突然出现巨浪，导致水族箱里的鱼全部落入海中。有一段时间，伊莎贝尔和哈罗德分开了。伊莎贝尔遇到了艾普丽尔，并结识了一群长相奇怪的鱼，它们都因为外表的缺陷而被自己的物种所排斥。在阿普尔的带领下，伊莎贝尔和其他鱼准备穿越火山前往珊瑚礁寻找哈罗德。另一边，哈罗德在海参卡尔的陪伴下却未能找到女儿。他伤心欲绝，带着鱼离开了。成功穿越火山的伊莎贝尔在珊瑚礁上遇见了哈罗德。珊瑚女王的出现，让父女俩更加欣喜。原来，王后就是伊莎贝尔的母亲。一家人高兴地聚在一起。
