也许在过去，也许在未来，人类大规模地殖民了宇宙。当人口膨胀到5000亿时，散落在宇宙各个角落的人类纷纷回归故土，却引发了一场伤亡惨重的返乡斗争。为了保护地球的圣地，人类制定了盖亚制裁，同意这里不允许任何人插手。然而，曾经担任联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬配音）背叛了盖亚的制裁，驾驶着自己的阿卡迪亚升起了背叛的旗帜，成为了逃亡一百年的通缉犯。联合舰队的指挥官伊索拉（森川智之配音）指示弟弟山（三浦春马配音）混入阿卡迪亚，探索尼伯龙人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克带领他的船员靠近地球，而联合舰队则在太阳系上撒网以阻止他的前进。遥远的故土和久违的真相震惊了所有人……这部电影根据松本的经典科幻漫画改编。
