也许在过去,也许在未来,人类大规模地殖民了宇宙。当人口膨胀到5000亿时,散落在宇宙各个角落的人类纷纷回归故土,却引发了一场伤亡惨重的返乡斗争。为了保护地球的圣地,人类制定了盖亚制裁,同意这里不允许任何人插手。然而,曾经担任联合舰队舰长的哈洛克(小栗旬配音)背叛了盖亚的制裁,驾驶着自己的阿卡迪亚升起了背叛的旗帜,成为了逃亡一百年的通缉犯。联合舰队的指挥官伊索拉(森川智之配音)指示弟弟山(三浦春马配音)混入阿卡迪亚,探索尼伯龙人发明的永动机的秘密。在此期间,哈洛克带领他的船员靠近地球,而联合舰队则在太阳系上撒网以阻止他的前进。遥远的故土和久违的真相震惊了所有人……这部电影根据松本的经典科幻漫画改编。